Về nội dung cụ thể, Nghị định này quy định hoạt động của người, tàu, thuyền Việt Nam, nước ngoài nhập cảnh, xuất cảnh, quá cảnh và chuyển cảng; thủ tục, kiểm tra giám sát BP và các hoạt động khác liên quan đến an ninh, trật tự; trách nhiệm chỉ đạo, hướng dẫn và phối hợp hoạt động quản lý, bảo vệ an ninh, trật tự tại cửa khẩu cảng biển.

Về nguyên tắc thủ tục biên phòng, Nghị định quy định: Tàu, thuyền Việt Nam và nước ngoài phải làm thủ tục nhập cảnh tại cảng biển đầu tiên, khi từ nước ngoài vào Việt Nam và làm thủ tục xuất cảnh tại cảng biển cuối cùng, khi từ Việt Nam ra nước ngoài. Chậm nhất 2 giờ, kể từ khi tàu đã neo đậu an toàn đối với tàu nhập cảnh (hoặc trước khi tàu rời cảng đối với tàu xuất cảnh), chủ tàu, người quản lý tàu, người khai thác tàu hoặc người được ủy quyền phải làm thủ tục BP cho tàu. Riêng tàu khách và tàu chuyên tuyến, chậm nhất là ngay trước khi tàu chuẩn bị rời cảng.

Chậm nhất 1 giờ, kể từ khi tiếp nhận đầy đủ các loại giấy tờ hợp lệ, BP cửa khẩu cảng phải hoàn thành thủ tục BP.